Kommunens kystvande samt mange af søerne og vandløbene er omfattede af den statslige vandområdeplan 2015-2021 for Vandområdedistrikt II, Sjælland.
Vurderingen af vandområdernes økologiske tilstand, og derfor også om miljømålet er opfyldt, er baseret på en række biologiske indices (vandplanter, smådyr, fisk mv.), der alle skal være opfyldte, for at det enkelte vandområdes samlede økologiske tilstand er tilfredsstillende. Den økologiske tilstand er afhængig af den biologiske og kemiske tilstand. I vandløb især også af at den fysiske tilstand, er tilfredsstillende.
Ni af kommunens søer er specifikt målsatte i statens vandområdeplan. Det drejer sig om Furesø, Vejlesø, Sjælsø, Birkerød Sø, Søllerød Sø, Løjesø, Store Stubbesø, Lillesø og Bøllemosen. Målet er, at de skal opnå en god økologisk tilstand. Ingen af søerne opfylder i henhold til vandområdeplanen deres miljømål. Det er i vandområdeplanen fastlagt, at der i planperioden skal udføres forundersøgelser med henblik på vurdering af, om der kan og bør gennemføres sørestaurering i Birkerød Sø og Løjesø. Forundersøgelsen af Birkerød Sø blev udført i 2018 og konkluderede, at der ikke skal gennemføres restaurering af søen, før den eksterne påvirkning med spildevand er reduceret tilstrækkeligt. Forundersøgelsen af Løjesø blev gennemført i 2020. Den viste, at det eksisterende datagrundlag ikke er tilstrækkeligt til at konkludere, om der bør gennemføres restaurering af søen på nuværende tidspunkt.
Ti vandløb i kommunen er ligeledes specifikt målsatte i statens vandområdeplan. Det drejer sig om Kajerød Å, Slugten, Usserød Å, Dumpedalsrenden, Vejdamsrenden, Vejdamsrendens birende, Maglemoserenden, Kikhanerenden, Skurrekilde og Mølleåen. De ni første er alle målsatte til at skulle have en god økologisk tilstand, mens Mølleåen, der er udpeget som et stærkt modificeret vandløb, skal have et godt, økologisk potentiale. Kun Skurrekilde, der er et mindre tilløb til Mølleåen, opfylder i dag i henhold til vandområdeplanen sit miljømål. Det er i vandområdeplanen fastlagt, at der i planperioden skal gennemføres vandløbsrestaurering i form af udlægning af groft bundmateriale (sten og grus) i Maglemoserenden og Dumpedalsrenden.
Vandområdeplan 2015-2021 for Vandområdedistrikt Sjælland